1、操作系统不同
windows虚拟主机则是由windows系统的服务器开设出来的主机，其中windows server系统环境大多为win2008，和win2012，小部分主机商可能还有win2003。目前windows server2016还未普及。
linux虚拟主机则由linux系统搭建开设出来的主机，其中linux系统有多种，主流的为CentOs、Ubuntu、Debian、Redhat这四种。
他们最大的区别是系统不同，开设出来的虚拟主机也有所不同。
linux服务器，运行的web组件是Apache+mysql， 支持PHP和MYSQL为主，部分linux能支持JSP。
Windows服务器，运行的web组件是IIS，数据库为SQL server为主，IIS版本由6-8不等。主要支持asp、asp.Net、PHP等，所以windows的主机也号称全能主机。
2、支持开发语言不同
Windows虚拟主机支持asp开发的网站，而Linux虚拟主机支持php开发的网站。比如常见的WordPress、DZ、PHPCMS、等知名CMS系统都是基于Linux进行开发的，如果大家使用的是上述CMS系统，需要购买Linux虚拟主机。而常见的zblog是基于Windows进行开发的，如果使用zblog搭建个人独立博客的话，需要购买Windows虚拟主机。
3、稳定性
从稳定性来看的话，windows虚拟主机的稳定性会比linux差一些，因为linux开源，一般漏洞相比windows较少一些，攻击会相对少。在一个是window界面占的资源会比linux的多，因此运行起来会比较慢。所以稳定性的话liunx会好一些。
4、价格
一般而言，Windows虚拟主机和Linux虚拟主机价格基本是没有差别的
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